与任何胶质瘤外科手术一样，经颅入路并非没有潜在风险。最常见的并发症是额叶损伤，通常是由于过度收缩造成的。如上所述，轻柔收缩，放置tefla或棉条和/或分离sylvian裂缝可以降低额叶损伤的风险。额叶损伤表现可能早在术中出现，呈蓝脑实质，代表出血性梗塞，应在闭合前切除。术后，额叶损伤可能是微妙的，但在报告记忆，判断，注意力，人格和嗅觉改变的患者中表明。
　　 当使用经颅方法，特别是同侧视神经时，可能存在视神经损伤的显着风险。在操纵邻近视神经的肿瘤部分之前，应对肿瘤进行减压。此外，重要的是保持神经和血液的血液供应。由于肿瘤腔内的血肿发展，脑垂体进入脑垂体和缺血，患者可能出现术后视力恶化。可怕的并发症是颈内动脉损伤; 然而，从大脑中动脉的正确识别可以帮助减轻这种风险。
　　 下丘脑损伤是罕见的，但可能导致过度切除并且是破坏性的，因为患者出现减少口渴和饥饿调节。更常见的是垂体前叶损伤。肿瘤通常将膈肌向上推，最终在经颅入路中切割和移除。激素替代可以减少荷尔蒙产生的减少; 然而，患者可能永远不会是一样的。另一个令人担心的并发症是尿崩症（DI）。对于术后3小时尿量为200 ml / h的患者，血浆渗透压大于295 mOsm / kg且尿渗透压低于295 mOsm / kg提示DI，患者应接受去氧血症和重复血浆和尿液渗透压测定24我以后 术后1周可出现盐萎缩综合征，患者出现头痛，昏迷和低血浆钠。垂体腺的损伤可能导致抗利尿激素释放不当和随后的低血浆钠的综合征。中心静脉线可以确定病因是否基于低钠或体积超负荷，并且患者可以根据病因学用流体和盐或液体进行治疗。无论如何，强烈建议避免快速钠校正，因为担心脑桥中央髓鞘增生中心静脉线可以确定病因是否基于低钠或体积超负荷，并且患者可以根据病因学用流体和盐或液体进行治疗。无论如何，强烈建议避免快速钠校正，因为担心脑桥中央髓鞘增生。
　　 内镜与显微外科手术切除垂体腺瘤的适应症基本相同。结果，虽然出于各种原因，但可能出现类似的并发症。应仔细评估肿瘤特征，如大小和延伸，并且通常是并发症的原因。并发症的其他原因通常涉及手术方法，脑垂体的手术操作，下丘脑和视神经装置。
　　 在术后即刻，应监测患者的激素功能障碍。应评估切除的垂体亚型的相应激素。此外，应在术后即刻，1天后和1周后监测血清电解质。监测液体摄入和输出，以及尿比重和DI的迹象，例如多尿，烦渴，稀释的尿液和增加的血清渗透压/钠。除严重并发症外，患者通常在1个住院日后出院。
　　 从中线和垂直的方法和优越的夹层偏差可能会导致筛板导致嗅觉丧失和脑脊液（CSF）泄漏的损害在经历反式蝶窦方法。如前所述，可以用脂肪移植物修复小的CSF泄漏; 然而，对于较大的缺陷，需要更稳健的修复方法。血管化皮瓣（包括鼻中隔皮瓣）已证明在内窥镜颅底手术中大型脑脊液漏的修复中取得了极大的成功。描述他们的机构在152个患者系列的152个血管化皮瓣中的经验，报告三个围手术期缺陷和五个围手术期CSF泄漏。
　　 在阴唇下切口后可能出现上唇和上颌前牙的临时麻醉。此外，鞍鼻可以与除去软骨隔膜。鼻中隔穿孔也可能发生并且由于相反的粘膜撕裂的发展而出现。某些措施降低穿孔的可能性，并且包括局部麻醉剂的粘膜下注射，并与在一侧上具有上-下隧道和在另一侧上的后黏膜下隧道接着除去鼻软骨的单个翼片的创作。此外，术后可能会出现鼻窦炎，使用抗生素7-10天可以避免鼻窦炎，术后尽早拔除鼻腔填塞物。
　　 蝶窦包含关键结构，包括颅神经和颈内动脉。进入蝶窦可导致蝶腭动脉损伤，这可能导致术后鼻出血延长。此外，内窥镜方法的另一个值得注意的并发症是在蝶窦切开术期间蝶腭动脉的隔膜分支受损或在肿瘤切除期间损伤颈内动脉。窥器的进步向下可能断裂包含蝶窦内蝶骨体和结构。为了避免并发症，解剖学考虑因素也很重要。一些个体表现出薄或不存在屏蔽视神经的骨板。应避免在窦内进行手术操作和单极凝固，以尽量减少视神经损伤的风险。此外，重要的是要注意多达4％的个体可能没有骨头覆盖在颈动脉的前环上，导致异位窦粘膜与动脉外膜之间的直接接触。
　　 鞍内并发症可能具有破坏性。颈动脉的术前定位是关键，因为动脉之间的距离可以跨越少4毫米。损坏鞍区域内任一ICA可能导致血管痉挛，血管闭塞，颈动脉海绵窦瘘，或死亡。
　　 垂体腺瘤局限于蛛网膜下腔，经蝶窦入路保留蛛网膜下腔的能力有助于其相对良性的手术状态。然而，穿入蛛网膜下腔是可能的，并非并非没有并发症。可能受损的特定结构包括视神经和交叉，脉管系统和下丘脑。也可能发生在正在进行的反式蝶窦手术患者视力丧失的手术创伤，血肿的血管损伤或发展的结果。去除大腺瘤后视神经脱垂或交叉进入空蝶鞍可能在数月至数年后发生，并代表视力丧失的另一种机制。肿瘤的鞍组件的手术操作也可能导致出血或残留组织，视觉缺陷，脑积水，精神状态改变和死亡。最后，塞拉的闭合不当可能导致脑脊液漏。
　　 术后深静脉血栓（DVT）和肺栓塞可发生在谁进行跨蝶窦手术。因此，DVT预防是这些患者手术和围手术期管理的关键组成部分。
　　 内分泌异常是经蝶窦手术的常见并发症。专家觉得可能会导致垂体前叶功能不全。报告显示12.5％的患者垂体前叶功能下降。垂体前叶不全是更可能在大腺瘤和正常垂体前叶组织的保存至发生可以是足以维持垂体功能。在切除微腺瘤期间垂体柄操作可能导致术后暂时性尿崩症（DI）多达1.6-60％的经蝶窦病例。然而，永久DI仅在1.8-3.0％的病例。SIADH的发展可能发生，其中由于神经垂体坏死而突然释放ADH被认为是一种潜在的机制。
　　 使用内窥镜提供了蝶窦的全景，更宽的工作角度视图，允许识别先前未使用显微镜观察到的关键解剖结构。鼻窦和蝶鞍内增强的可视化可以更精细地切除腺瘤。在有经验的操作的手中，这些结构的直接可视化，导致减少与这些结构，诸如下丘脑，颈动脉和视神经和视交叉的损伤相关的并发症的发生率与显微。使用内窥镜相对于显微镜可以更好地切除纤维化或瘢痕组织的复发或残留垂体腺瘤。作为经验积累，内窥镜已被证明导致较低的并发症发生率，降低的功能性残疾和下部化妆品残疾人作为经颅和其他反式蝶窦方法。此外，使用内窥镜的显著降低上唇，鼻并发症，肺泡麻木和鞍鼻畸形。
　　 由于内窥镜与手术区域的紧密接近，过度出血会使内窥镜的镜片变得模糊，从而使外科医生对手术视野的看法变得模糊。在早期内窥镜时代清洁镜片包括提取内窥镜和手动从镜片中去除血液和碎屑。这些对手术的干扰可以增加手术时间，由没有经验的外科医生进行。当代镜片清洁工具被整合到内窥镜中，为外科医生提供灌溉和抽吸功能以及内窥镜本身所赋予的优势。然而，患者可能在手术后2周内出现明显的延迟鼻出血。可能发生颈内动脉损伤，导致假性动脉瘤形成; 然而，后房间隔动脉出血是最常见的原因，可以通过内镜电凝来稳定。
　　 内窥镜方法也为神经外科医生提出了新的挑战。内窥镜提供2D视图，而不是由手术显微镜提供的3D视图。内窥镜更难以理解深度感知，因为神经外科医生必须将内窥镜驱入和移出手术区域以欣赏视野的深度。与显微镜相比，内窥镜的变焦和聚焦能力有限。这些缺点可能会增加垂体后叶，海绵窦或横膈膜损伤的风险，导致脑脊液漏和DI。鼻内镜或牵开器很少用于内窥镜手术，因此，器械从内窥镜的视线外进入手术区域，可能损伤中鼻甲的鼻粘膜和内侧壁。手术区域和解剖标志的可视化中的较大视图有助于减轻深度关注。现在可以使用立体内窥镜等技术进步，恢复外科医生的深度感知，可能减少与2D视觉相关的并发症。此外，虽然镜下垂体手术的并发症发生率可能是没有经验的手中高，最近的研究表明，学习曲线存在可能与专业化。