腺病毒感染在胶质母细胞瘤的临床试验中显示出显着的功效。感染诱导胶质瘤细胞自噬，然而，与感染感染相关的分子紊乱仍然知之甚少。在这里，蛋白质组学用于表征感染内化后和感染后期的神经胶质瘤代谢紊乱。感染后几分钟，胶质瘤细胞的快速存活重编程通过早期激活和多种存活激酶的时间依赖性去磷酸化证明。在感染严重的细胞内蛋白质稳态表征损伤，检测与微核糖核酸剪接，细胞骨架组织，氧化反应和炎症相关的差异表达的蛋白质。特定激酶调节蛋白相互作用组为调制蛋白质组显示与激活干扰蛋白质的动力学激酶，酪氨酸-蛋白激酶的，糖原合酶激酶丝氨酸，与腺病毒蛋白过量产生平行。而且，核因子的晚期激活与参与迁移的特定细胞因子的细胞外增量和不同炎症细胞的活化相关。综合起来，研究人员的综合分析进一步深入探讨了感染在调节肿瘤抑制和针对神经胶质瘤的免疫应答中所引发的作用。目前的研究提供了关于在感染溶瘤腺病毒治疗期间控制胶质瘤代谢的分子机制的新见解。细胞内和细胞外蛋白质组学的汇编和分析使研究人员得以表征：细胞存活在感染内化过程中重编程，在自噬阶段由感染诱导的蛋白质抑制性紊乱，用于感染调节的蛋白质组的蛋白质相互作用组，对激酶动力学诱导的调节作用通过感染感染后期，以及感染处理后多任务细胞因子的过量产生。研究人员认为本研究中产生的定量分子图谱可为基于互补腺病毒的载体的开发奠定基础，以增加对胶质瘤的效力。
　　 视网膜细胞瘤蛋白和它的调节蛋白是关键的细胞周期调节。在健康细胞中，视网膜细胞瘤蛋白的结合于细胞转录因子，从而防止转录必需基因对细胞周期进展。然而，视网膜细胞瘤蛋白及其途径在大部分恶性胶质瘤中发生改变。另一方面，不同类型的病毒，包括腺病毒，诱导感染细胞进入细胞周期的，以允许腺病毒复制和扩散。视网膜细胞瘤蛋白具有更高的结合亲和力对于腺病毒蛋白而不是细胞蛋白，因此当释放时，在碱基对，其用于编纂视网膜细胞瘤蛋白的结合位点，仅允许在这些谁在视网膜细胞瘤蛋白的途径有破坏细胞中的腺病毒选择性复制。此外，中添加基序的腺病毒纤维蛋白的修饰允许非依赖性整合素依赖性感染。由于胶质母细胞瘤细胞表达的这些整合素的量高于健康的星形胶质细胞，这修饰增加的趋向性和细胞病变的腺病毒的能力。一般来说，临床前和临床研究的结果证实，腺病毒感染是一种有吸引力的恶性胶质瘤治疗药，证明有利的毒性特征和显着的临床疗效。实际上，与特异性免疫调节剂组合的新型临床试验目前是活跃的。众所周知，溶瘤性感染介导的肿瘤抑制机制涉及腺病毒诱导的胶质瘤细胞自噬机制的激活。研究人员认为理解与感染病毒周期相关的蛋白质抑制变化将为增强病毒释放能力提供新的途径，并因此引发更多的治疗效果。使用定量的细胞外和细胞内蛋白质组学工作流程，物理和功能相互作用数据，以及生物化学方法，研究人员已经部分地表征了在附着的初始阶段受损的信号通路的生物化学理解中缺失的环节。病毒颗粒的内化以及感染感染的自噬期。在感染感染的胶质瘤细胞中检测到种差异蛋白，精确定位蛋白质相互作用网络，特定途径和潜在的新型治疗靶点。此外，特异性细胞因子亚群的特异性增加通过胶质瘤感染细胞的细胞外细胞因子谱分析检测，支持感染调节与迁移相关的途径和不同炎症细胞活化的观点。
　　 将细胞沉淀重悬于裂解缓冲液中并在冰上放置旋转并涡旋。一个后超声处理步骤中，将裂解物在。用测定试剂盒测量上清液的蛋白质浓度。将来自感染的和感染的细胞的总细胞提取物在样品缓冲液中稀释并加载到聚丙烯酰胺凝胶中，其中堆积凝胶浇铸在分离凝胶上。一旦前端进入分辨凝胶，就停止运行，以便整个蛋白质组变得集中在堆积/分离凝胶界面。用考马斯亮蓝染色条带并从凝胶上切下。用胰蛋白酶进行蛋白质酶促切割。使用固相萃取进行肽的纯化和浓缩。如前所述，通过反相色谱分离肽混合物。柱梯度在两步梯度中发展，在所有过程中，预柱与柱子保持一致，并且沿着梯度以维持流动。使用系统分析来自柱的洗脱肽。信息数据采集是从质量范围进行的调查扫描获得的扫描时间内高。选择前峰进行破碎。产物离子在质量范围内扫描，并在排除进一步碎裂。使用数据采集，并针对连锁的目标诱饵蛋白质组参考数据库进行搜索数据库。使用非线性拟合方法进行错误发现率，并且显示的结果是报告全球错误发现率或更好的那些。质谱蛋白质组学数据已通过合作伙伴存储库保存。使用软件进行肽定量。使用检测器中的完整测量扫描的精确质量测量值和观察到的保留时间，对齐运行以补偿研究人员的分离系统中的运行间变化。为此，所有运行都与软件自动选择的参考运行对齐，以及考虑主要功能列表生成了值和保留时间。借助软件提供的质量分数手动监控这些对齐的质量。肽鉴定从软件输出并导入软件，在那里它们与各自的特征相匹配。管理输出数据文件以用于随后的统计分析和表示。通过位点鉴定的蛋白质，反向蛋白质和潜在的污染物被过滤掉。蛋白质用至少两种独特的肽定量，并且认为线性标度的绝对倍数变化显着差异表达。以检测和推断由于处理而导致的差异激活/失活途径。数据库包括描述实验研究相互作用的已发表文献的相互作用，以及基于结构域融合，系统发育的几种成熟方法的基因组分析相互作用剖析和基因邻域概念。因此，将每种蛋白质关联的置信度得分分配给网络。当几种类型的证据支持关联时，分配的分数越高。为了最大限度地减少假阳性和假阴性，数据库中标记为“低可信度”的所有交互都已从本研究中消除。途径分析软件包括来自实验和预测来源的数据库的策划信息，从而能够发现高度代表的功能，路径和网络。途径分析比较分析根据计算的考虑信号路径等级并分层报告。该软件生成显着性值的每种生物或分子事件，并基于所述费舍尔精确检验。
　　 对于分泌蛋白组分析，斑点印迹蛋白质阵列用于细胞因子分析。简言之，用制造商的封闭缓冲液在室温下封闭含有细胞因子抗体的膜，并与来自感染细胞的未稀释的细胞培养基孵育。洗涤后，将生物素化的抗细胞因子抗体混合物加入到膜中，然后与缀合的链霉抗生物素蛋白一起孵育，然后暴露于制造商的过氧化物酶。基质。对于磷酸基因组分析，根据制造商的说明使用蛋白质组分析仪阵列。将来自感染的细胞的细胞裂解物稀释并与人磷酸激酶阵列一起温育过夜，其包含一式两份印刷的不同的捕获抗体。洗涤阵列以除去未结合的蛋白质，然后与生物素化的检测抗体混合物一起温育。应用链霉抗生物素蛋白和化学发光检测试剂，并在每个捕获点产生对应于结合的磷酸化蛋白质量的信号。对于两种蛋白质阵列平台，化学发光用系统定量信号，并归一化为阳性对照信号。使用将模拟感染和感染的蛋白质细胞提取物电泳转移到硝酸纤维素膜上，通过无污染数字化和评估等量的凝胶。染色。与适当的辣根孵育后过氧化物酶缀合的二抗，在与增强的化学发光底物温育后，通过成像系统检测抗体结合。使用软件版本测量所有条带强度，并将其标准化为或每个凝胶泳道中的总染色。多形性胶质母细胞瘤是最具攻击性的恶性胶质瘤，其特征是浸润性生长，导致进行性神经功能障碍。一个目前所用的治疗策略是溶瘤病毒疗法，它结合了肿瘤细胞裂解与全身抗肿瘤免疫的诱导。感染，目前正在多形性胶质母细胞瘤的临床试验中进行研究。然而，伴随腺病毒感染过程的全球分子事件仍有待阐明。研究人员认为，系统范围内的初始磷酸化蛋白质组学事件以及细胞内和细胞外胶质瘤蛋白质组的表征可能是感染感染时自噬调节的基础，可能为改善治疗效果提供新的诱导或抑制策略。针对目标胶质瘤细胞。为了鉴定感染参与细胞表面受体后不久诱导的信号传导事件，为了同步病毒结合，研究人员添加了高浓度的病毒，以便在非常短的时间范围内获得足够数量的结合事件。观察到特定存活途径的时间依赖性去磷酸化，表明感染诱导早期存活。重新编程胶质瘤细胞以获得最佳的病毒复制。在分析的时间点，去磷酸化逐渐失活。一去磷酸化底调节牵连离子透过性的前。有趣的是，信号通路的激活促进胶质瘤细胞迁移和对化疗药物替莫唑胺的细胞凋亡抗性，强化了胶质瘤细胞与替莫唑胺和共处理的观点。可能会增强治疗效果。与激酶介导的信号传导诱导的关闭一起，几种转录因子被迅速抑制，可能阻断抗病毒防御，导致周期停滞，并抑制胶质瘤。细胞生长。
　　 众所周知，对于有效的细胞裂解和腺病毒扩散，感染诱导大量自噬。研究人员已经确定，与生产过剩发生在平行的诱导神经胶质瘤蛋白质组重构病毒蛋白和去磷酸化和的在。在一致定量的细胞内蛋白质中，可能分布在核，细胞质，外泌体和其他细胞器之间的膜上。此外，通过质谱法检测到检测到的腺病毒蛋白的过量产生。在差异蛋白质组中检测到。根据以前的研究。在研究人员的蛋白质组学调查中也检测到各种自噬相关生物标志物蛋白的表达变化。下调在感染感染的胶质瘤细胞中得到证实。这种分子事件是溶瘤腺病毒感染的肿瘤细胞中自噬的标志，其中可作为泛素化蛋白质或细胞器的受体，最终被自溶酶体降解。自噬体-溶酶体融合需要溶酶体膜蛋白，一种在感染感染细胞中过表达的蛋白质。此外，蛋白质的表达水平与细胞骨架组织，炎症，氧化反应和分化提示伴随感染介导的自噬的改变的生物学功能。有趣的是，参与蛋白质合成的去调节蛋白质和脱氧核糖核酸代谢，脱氧核糖核酸复制许可因子在之前已被提议作为感染早期的感染靶标。为了在自噬阶段对感染感染的神经胶质瘤蛋白质类型进行详细描述，研究人员进行了蛋白质组规模相互作用网络，合并了在胶质瘤感染细胞中检测到的差异蛋白质。微核糖核酸剪接代谢相关的特定蛋白质簇组成。感染处理直接影响蛋白酪氨酸激酶信号传导，与胶质母细胞瘤的发生高度相关。
　　研究人员应用系统生物学方法建立了一个框架，以监测解除管制的蛋白质和潜在的网络模块之间的相互作用，这些模块可被视为调节感染过程的蛋白质靶标。去磷酸化作为部分解除管制的蛋白质组的功能性相互作用而出现，在感染介导的自噬过程中被激活。也作为差异相互作用组网络中的中枢出现。进行后续实验以监测感染后期的该信号转导器的激活状态。丝氨酸的增量在磷酸化抑制剂水平的下降表明该转录因子可能被激活。以前的研究指出，腺病毒感染诱导晚期激活的活化中癌细胞系，被具有不同的抗性相关联的细胞死亡和化疗策略在多形性胶质母细胞瘤，提示诱导晚期激活活化可能是胶质瘤细胞诱导的保护机制。蛋白质的动力学激酶同工酶在星形胶质细胞脑肿瘤中过表达。研究人员的数据表明感染降低蛋白质的动力学激酶蛋白水平，可能抑制恶性胶质瘤细胞的过度增殖状态和侵袭能力。尽管激酶在多形性胶质母细胞瘤中也经常被激活，但使用特异性抑制策略已经证明细胞活力和迁移的降低以及多形性胶质母细胞瘤细胞中自噬性细胞死亡的诱导。在活化环的磷酸化必需，和总的的水平显着在神经胶质瘤感染的细胞在降低。所有这些数据都指出感染治疗直接干扰参与细胞生长，增殖，粘附和迁移的信号通路。由于感染感染细胞中蛋白质的动力学激酶调节亚基的减少，研究人员将注意力集中在蛋白质的动力学激酶活化的潜在放松管制上。磷酸化和总蛋白质的动力学激酶水平的增加在得到证实。
　　另一方面，感染还在感染后期的胶质瘤细胞中靶向丝氨酸苏氨酸蛋白磷酸酶稳态。具体地，感染诱导丝氨酸蛋白磷酸酶催化亚基，调节亚基和蛋白磷酸酶催化亚基的过量产生。所有这些都与胶质母细胞瘤的侵袭和复发有关。显示由感染调节的蛋白磷酸酶调节的相互作用组。尽管感染的胶质瘤细胞在时观察到轻微的蛋白磷酸酶催化亚基激活，但感染诱导了蛋白磷酸酶亚基的减少。虽然在多形性胶质母细胞瘤领域的二元性的存在是因为蛋白磷酸酶抑制或活化似乎是抗致癌。参与蛋白磷酸酶调节的相互作用组的其他蛋白质是钙网蛋白，其表达在感染感染过程中被诱导。有趣的是，这个蛋白是损伤相关分子模式参与的诱导分子抗肿瘤的抗肿瘤治疗诱导自噬。